Необязательно Нюк использовать для этих задач. Здесь вполне подойдет и АЕ. Отличие между ними весьма концептуальное. Скажем Nuke, Fusion - это процедурный подход к композингу. Все выполняется в виде нодов, взаимодействующих друг с другом. А в АЕ - это работа по слоям, по принципу Photoshop`а. В каждом слое можно анимировать абсолютно любой параметр, сдвигать слои во времени и т.п.
Какой софт применять - зависит от поставленной задачи. Но главное, что с помощью этих программ можно добиться практически одного и того же результата, только разным путем. Скажем, намного удобнее рисовать моушен графику в АЕ, чем в других программах с нодовой архитектурой. А вот со сложной пост-обработкой, трекингом, композингом - удобнее, например, в Нюке. Но вот, скажем наложить Blur, Z-Depth и пр. можно спокойно и в АЕ. К тому же в АЕ пространство не ограничивается только 2D, но есть и 3D, возможности которого можно использовать в широком спектре.
Какой пакет изучать, зависит скорее от задач которые в последствии будут решаться. На мой взгляд луче начинать с АЕ. И к тому же он очень тесно интегрирован в продукты линейки Adobe. Это Adobe Premiere, Illustrator, Photoshop и т.п. Это означает, что я могу закидывать в качестве футажей не исходные видео файлы, а целые проекты из другой программы, например Premiere. И они рендерятся в АЕ автоматом. И если что-то меняется в том проекте из премьера, тут же отражается и в внедренном объекте. Удобно.
Со звуком АЕ работает замечательно. Если он нужен - добавляется как обычноый слой, только по умолчанию он не слышен, для того чтобы его услышать - нужно нажать клавишу "."(точка) на доп. клавиатуре.